| 1956年 (昭和31年) | 9月 | 鹿教湯温泉療養所開設(病床数23床) 内科,理学診療科開設 |
| 1959年 (昭和34年) | 1月 | 鹿教湯温泉療養所集団保養開始 |
| 1963年 (昭和38年) | 1月 | 農林年金施設完成病床数366床 日本の脳卒中リビリテーション施設のメッカとなる |
| 1970年 (昭和45年) | 8月 | 鹿教湯温泉療養所歯科開設 |
| 1972年 (昭和47年) | 6月 | 鹿教湯温泉療養所病床100床増床認可病床数466床 |
| 1974年 (昭和49年) | 9月 | 名称をリハビリテーションセンター鹿教湯病院に改称 |
| 1978年 (昭和53年) | 5月 | 整形外科開設 |
| 11月 | 農林年金施設手術棟完成(整形外科用) | |
| 1983年 (昭和58年) | 9月 | 脳神経外科開設 |
| 1984年 (昭和59年) | 6月 | 耳鼻咽喉科開設 |
| 7月 | 神経内科、循環器科開設 | |
| 12月 | 脳神経外科用手術室完成 | |
| 1985年 (昭和60年) | 1月 | 眼科,皮膚科,泌尿器科,精神科開設 |
| 1986年 (昭和60年) | 9月 | 外科開設 |
| 1987年 (昭和62年) | 3月 | 農林年金施設集中治療棟完成(ICU18床) |
| 1988年 (昭和63年) | 3月 | 第一次救急医療施設告示 |
| 1990年 (平成2年) | 7月 | 消化器科開設 |
| 1992年 (平成4年) | 5月 | 院外処方箋業務開始 |
| 10月 | 18:00タ食開始 | |
| 1993年 (平成5年) | 2月 | 基準看護、基準看護IのI認可 |
| 4月 | 地域医療部訪問活動開始 | |
| 5月 | 療養型病棟、特例許可老人病棟認可(ケアミックスの導入) | |
| 9月 | 基準看護病棟、特2類看護認可 | |
| 11月 | リハビリテーション総合承認施設認可 | |
| 1994年 (平成6年) | 8月 | 訪問看護ステーション「やまなみ」開設 |
| 9月 | 夜間勤務等看護加算(II)施設認可 | |
| 10月 | 一般病棟新看護(3A6:1)施設認可 療養型病床群I群・入院医療管IV認可 特例許可老人病棟・入院医療管理I認可 外科常勤体制 | |
| 1996年 (平成8年) | 1月 | リハビリテーション研究所附属病院が分院となる |
| 5月 | 放射線科開設 | |
| 9月 | リウマチ科,リハビリテーション科開設 | |
| 1998年 (平成10年) | 1月 | 訪問看護ステーション「信州うえだやまびこ」開設 |
| 8月 | 南病棟着工 | |
| 1999年 (平成11年) | 1月 | 厨房全面改修 |
| 2月 | 人間ドック室全面改修 | |
| 9月 | 通所リハビリテーション「温森(ぬくもり)」開設 | |
| 2000年 (平成12年) | 3月 | 訪問看護ステーション「信州うえだとよさと」開設 |
| 4月 | 南病棟完成分院介護療養型医療施設認可 | |
| 6月 | 特殊疾患入院施設管理加算認可 | |
| 8月 | 東病棟全面改修 | |
| 9月 | 農林年金より土地、建物取得 | |
| 10月 | 外来受付・薬局窓口・待合ホール改修 | |
| 11月 | OB会設立総会開催 | |
| 12月 | 回復期リハビリテーション病棟入院料認可 | |
| 2001年 (平成13年) | 4月 | 訪問リハビリテーション科開設 |
| 10月 | ＪＡ長野厚生連創立50周記念式典開催 信州うえだとよさと居宅介護支援事業所開設 | |
| 2002年 (平成14年) | 4月 | 日本医療機能評価機構(複合病院種別:B一般・長期療養)認定 |
| 5月 | 言語聴覚療法施設基準認可 | |
| 7月 | 一般病床(114床)療養病床(327床)に変更 回復期リハビリテーション病棟増設(90床) | |
| 2003年 (平成15年) | 4月 | 豊殿診療所開所 呼吸器科開設 |
| 7月 | 一般病床(100床)療養病床(341床)に変更 診療録管理体制管理加算認可 | |
| 8月 | 特殊疾患入院施設管理加算認可(増設89床) | |
| 10月 | 回復期リハビリテーション病棟増設(144床) | |
| 2004年 (平成16年) | 3月 | 特殊疾患入院施設管理加算認可(増設141床) |
| 4月 | 訪問看護ステーション信州うえだとよさと移転あやめの里に名称変更 褥瘡患者管理加算認可 | |
| 5月 | 豊殿診療所訪問リハビリテーション開設 | |
| 9月 | 亜急性期入院医療管理料(4床)、画像診断管理加算2認可 | |
| 2005年 (平成17年) | 4月 | 鹿教湯三才山リハビリテーションセンター鹿教湯病院に名称変更 |
| 6月 | 亜急性期入院医療管理料認可(10床) | |
| 8月 | 一般病棟入院基本料I群2看護補助加算10:1認可 | |
| 2006年 (平成18年) | 4月 | 救急医療管理加算・栄養管理実施加算認定 |
| 7月 | 療養病棟入院基本料2認可 | |
| 2007年 (平成19年) | 1月 | 一般病棟入院基本料10:1認可 |
| 4月 | 日本医療機能評価機構による病院機能評価認定(更新ver-5) | |
| 5月 | 麻酔管理料認可 | |
| 6月 | 回復期リハビリテーション病棟入院料認可(192床) 療養病棟入院基本料2認可(41床) 医療安全対策加算認定 | |
| 10月 | 単純CT撮影及び単純MRI算定 | |
| 2008年 (平成20年) | 4月 | 日本医療機能評価機構による付加機能(リハビリテーション機能)認定 |
| 8月 | 画像診断管理加算2認可 | |
| 10月 | 回復期リハビリテーション病棟入院料１認可(192床) | |
| 2009年 (平成21年) | 1月 | 回復期リハビリテーション病棟重症患者回復病棟加算認可(192床) |
| 2月 | 医師事務作業補助体制加算(50:1)認可 | |
| 3月 | 療養病棟入院基本料2認可(102床) | |
| 7月 | 回復期リハビリテ－ション病棟入院料1認可(合計233床) | |
| 2010年 (平成22年) | 4月 | 鹿教湯病院分院閉院(99床) |
| 7月 | 一般病棟看護必要度評価加算認可 回復期リハビリテ－ション病棟入院料1リハビリテ－ション充実加算認可 | |
| 11月 | 急性期看護補助体制加算認可 | |
| 2011年 (平成23年) | ||
| 8月 | 医療機器安全管理料1 認可 | |
| 2012年 (平成24年) | 4月 | 感染防止対策加算2認可、患者サポート体制充実加算認可 時間内歩行試験認可、疾患別リハビリテーション初期加算認可 |
| 5月 | 一般病床93床、回復期リハビリテーション病床196床、医療療養病床140床に変更 | |
| 6月 | 歯科外来診療環境体制加算認可 | |
| 2014年 (平成26年) | 2月 | 電子カルテシステム本稼働 |
| 4月 | 障害者施設等入院基本料(10:1)認可(41床) | |
| 7月 | 回復期リハビリテーション病棟入院基本料１体制強化加算認可(49床) | |
| 2015年 (平成27年) | 1月 | 一般病床122床、回復期リハビリテーション病床196床、医療療養病床98床に変更 |
| 2月 | 障害者施設等入院基本料（10：1）認可（83床） | |
| 6月 | データ提出加算算定開始 | |
| 2016年 (平成28年) | 11月 | 回復期リハ病棟から地域包括ケア病棟1へ変更（49床） |
| 2018年(平成30年) | 4月 | 入退院支援部を新設 |
| 7月 | 第75回農村医学会総会(当番病院) | |
| 7月 | 第68回厚生連体育大会(当番病院) | |
| 2019年(令和元年) | 4月 | 看護小規模多機能型居宅介護おおぞら 開所 |
| 10月 | 上小医療圏地域医療調整会議において鹿教湯病院・三才山病院の統合について承認 | |
| 2020年(令和2年) | 2月 | 新型コロナウィルス感染症対策本部 設置 |
| 2021年(令和3年) | 8月 | リハセンター再編成建設工事 開始 |
| 2022年(令和4年) | 3月 | 鹿教湯病院訪問リハビリ坂城サテライト 開設 |
| 5月 | しおだ介護予防センター・しおだ福祉相談センター 開所 | |
| 2023年（令和5年） | 10月 | 鹿教湯病院および三才山病院 統合 急性期一般病棟40床、障がい者施設等一般病棟195床、医療療養病棟49床 回復期リハビリテーション病棟150床、地域包括ケア病棟41床に変更 |
